В 1755 году известный архитектор Дмитрий Ухтомский перестроил здание для будущих студентов университета. Весной того же года состоялась церемония открытия. До переезда МГУ на Моховую улицу именно здесь размещались лекционные аудитории, а также кабинеты гимназии, библиотека, минералогический кабинет, химическая лаборатория и типография с книжной лавкой. После окончательного переезда университета, в здании Главной аптеки располагались государственные учреждения, но в конце XIX века оно было разобрано для последующего строительства Государственного исторического музея.